此後，大學和高中開始設置教官，軍訓課程設為必修，教學內容單一化，充滿高度「黨化」色彩，校園中原先興盛的學生活動，幾近停擺，熱情的學院思潮，銷聲匿跡，「意識形態國家機器」從此桎梏了台灣校園的言論與學術自由。
一直到1990年3月，野百合學運才打破了近40年的思想緊箍咒，來自全台各地，近6000名大學生，聚集在當時的中正紀念堂廣場，靜坐抗議，提出了「解散國民大會」、「廢除臨時條款」、「召開國是會議」、及「政經改革時間表」四大訴求。
時任總統李登輝依照其承諾，召開國是會議，翌年廢除《臨時條款》，結束「萬年國會」。
然而，1991年5月，法務部調查局幹員在未知會校方的情況下，進入國立清華大學，拘提清大歷史研究所碩士生廖偉程，將廖生等四人，以違反「懲治叛亂條例」與「刑法第一百條」的「預謀叛亂罪」起訴（獨台會案）。此舉再度引發了台灣社會與大學校園劇烈反彈，全國各大學的學生罷課並且於台北車站進行靜坐抗議活動，要求「廢除懲治叛亂條例、反對政治迫害」。
5月17及24日，立法院通過廢除懲治叛亂條例及檢肅匪諜條例。中研院院士李鎮源、林山田等教授，更於9月發起成立「100行動聯盟」，要求國民黨政府廢除「殺人無數、專門處理政治犯」的《刑法》第一百條。
1992年5月，立法院修正刑法第100條，刪除陰謀叛亂罪處罰，終於在法律上落實思想自由、學術自由與言論自由。
回顧這一段歷史，清楚地看到，如今視為理所當然、像呼吸般的自由，是一代又一代的前人挺身而出，「爭取」來的，而如果我們不懂得珍惜和守護，曾經爭取到的，也不保證永不會失去。
如果說自由是種權利，那麼，它必定也隱含了一種不可逃避的責任與義務──以個人享有的自由，來捍衛他人的自由。
「權利」（right）一字來自拉丁文jus，意義是：某人或某團體當得或當給與之物。換言之，對某人或某團體「正當」的即是權利。jus也是拉丁文正義（justicia）的字根，意謂：當人人的權利得到適當的尊重時，就是實踐正義。
性強暴的受害人說：「你只能強暴我的身，不能強暴我的心。」政治迫害的受害人說：「你只能屈服我的身，不能屈服我的心。」司法不公的受害人說：「你只能摧殘我的身，不能摧殘我的心。」食品公害與核污染的受害人說：「你只能污染我的身，不能污染我的心。」傳統佛教提倡的是威權政治下受害人的心靈自由，從不提倡民主政治下尊重人權的人身自由，佛教要轉型，要與聯合國兩人權公約接軌，才可能進入世界宗教主流。
